FFPEのDNAでは、タンパク質‐核酸の架橋などの化学修飾や断片化が起こっています。 AmbionのRecoverAll™ Total Nucleic Acid Isolation Kitなら、様々なFFPEサンプルからSNPジェノタイピングの成功に十分な量のDNAを回収できます。

TaqMan® RNase P Detection Reagents (FAM™ Dye)を使った方法は、機能するDNAテンプレート量を定量するための正確な方法で、十分な量のDNAテンプレートが使われたかがわかります。

配列特異的なフォワード／リバースプライマーとプローブを用いて、目的のSNPを増幅・検出します。 アレル識別データは、各レポーター色素による蛍光シグナルを測定するエンドポイントのプレートリードを行って収集しました。

この最終ステップでは、標準化したアレル識別データからスキャタ―プロットを作成し、アレルコールをして各サンプルのジェノタイプを決定します。